自来也想要参与到击杀大筒木一式的任务中,但是因为佩恩一战导致自己不方便继续战斗,于是委托阿玛多提取自己的基因制造了克隆人,也就是果心居士。自来也为了让果心居士有更强的战斗力,就将自己的所有忍术教给了他,并告知他被制造出来的唯一意义就是击杀大筒木一式。随后自来也在某处开始隐居收集情报。
阿玛多和果心居士相继加入壳组织,假装成壳组织的伙伴,一直在找机会解决大筒木一式。慈弦加入壳组织期间为了获得慈弦的信任,就帮壳组织成员改造了身躯,迪鲁达可以转换科学忍具身躯复活,博罗可以用科学忍具无限再生之类的;同时阿玛多被迫帮助慈弦做容器实验,终于在众多容器中出现了合适的容器川木。